在就地保护方面，重庆市优化后将会有各类自然保护地116处，另有南川金佛山、巫溪阴条岭等8处陆生野生动物重要栖息地，以及明月山、双桂湖等9条候鸟迁徙通道。比如，重庆累计繁育1800多只国家重点保护动物，救护约7000只野生动物，收集保存5229份珍贵种质资源，为生物多样性保护提供支撑。全市建成古树名木保护管理“一张图”，展开古树名木复壮保护1136株。以大熊猫繁育为例，重庆动物园熊猫馆馆长张乃成介绍，每年有熊猫专家组对大熊猫进行科学评估、择优配对，统一安排配种繁育。”重庆市林业局副局长汪树祥强调，据监测，重庆年均过境迁徙日行性猛禽约40种、数量超3万只，占中国猛禽总数的45%；越冬水鸟种类超60种。截至2025年，重庆市登记古树名木25741株，其中一级古树501株；名木13株。另外，黑叶猴从2013年的202只增长至2025年的270只左右。古树名木中，数量最多的树种为黄葛树占36%，其次为柏木占9.48%、枫香树占7.66%。与此同时，重庆连续构建完善野生动植物迁地保护繁育体系，通过建设动物园、收容救护机构、繁育机构、种质资源库等，把一些特别濒危的物种接到“托儿所”来照顾。“我们连续3年开展全国越冬水鸟同步监测，详细掌握越冬水鸟的种类组成与数量分布。该市九成以上重点保护动植物集中分布在这些地方。这些区域严控人为活动干扰，为野生动植物提供安全稳定的生存环境。重庆19个区县发现林麝分布，数量稳定在800头左右。中华秋沙鸭已连续14年来到重庆越冬，种群数量持续增加。饲养员还会为每只熊猫形成专属档案，涵盖采食、排便、行为、情绪、生理周期等，精准指导繁育与健康干预。
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